14 czerwca 1940 roku został przywieziony do KL Auschwitz w pierwszym transporcie Polaków. Włodzimierz Dunin – Borkowski staje się od tego czasu numerem 360. Początkowo zostaje przydzielony do ciężkich prac budowlanych. W poszukiwaniu lepszego miejsca udaje mu się następnie podjąć niewolniczą pracę w stolarni. Zajmował się w niej m.in. rysowaniem różnych ozdobników, które potem rzeźbiono na drewnianych wyrobach.
Wykonywał potajemnie projekty witraży, z myślą, że kiedyś po wojnie powstanie świątynia, a w niej sanktuarium pamięci ofiar KL Auschwitz. Wiele prac jego autorstwa ocalało dzięki obozowemu i przyobozowemu ruchowi oporu.
Włodzimierz Borkowski był więźniem kilku niemieckich obozów. W 1944 roku został przeniesiony do Breslau – Lissa, a stamtąd, z początkiem stycznia 1945 roku do KL Gross–Rosen, obozu macierzystego. Przed w Wielkanocą został ewakuowany do KL Buchenwald. Wyniszczający marsz ewakuacyjny i pobyt w obozie Flossenburg stały się ostatnim etapem morderczej wędrówki. Dnia 23 kwietnia 1945 roku Włodzimierz odzyskał wolność.
Do Polski powrócił 26 lipca 1945 roku. Ponownie podjął studia medyczne na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. W 1950 roku uzyskał dyplom lekarza. Był lekarzem medycyny przemysłowej, chirurgiem, rentgenologiem, ratownikiem górniczym. Obok pracy zawodowej zajmował się działalnością artystyczną – pisał wiersze i malował obrazy. Repliki projektów witraży oświęcimskich, które dzisiaj są przechowywane w zbiorach Muzeum Auschwitz-Birkenau są jego dziełem. Honorowy obywatel Miasta Krakowa. Uhonorowany również Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Srebrnym Krzyżem Zasługi i Krzyżem Oświęcimskim.
Zmarł 6 sierpnia 2015 roku w Krakowie.

_{/źródło: Sebastian Śmietana/}